W 1558 r. Stanisław Szafraniec zamienił miejscowy kościół katolicki w kalwiński. Ministrem zboru został . W latach 1556–1616 odbyły się tu synody kalwińskie. W czasie synodu w 1556 pierwszy raz w Polsce jawnie wystąpiono przeciw dogmatowi o Trójcy Świętej, nastąpiło wyodrębnienie ruchu braci polskich.
Miasto było w okresie reformacji ważnym ośrodkiem kulturalnym. Przez pewien czas miejscowa szkoła działała jako filia Akademii Rakowskiej. W tym czasie spora część mieszczan, jeśli nie większość przeszła na kalwinizm.
. Wówczas właściciele miasta często się zmieniali. Należało ono kolejno do rodów: Dembińskich, Czarnockich, Machockich i Lohmannów. W 1869 r. Secemin utracił prawa miejskie.
W 1939 roku w wyniku agresji niemieckiej na Polskę trafił pod okupację niemiecką. Zdobycie Secemina 16 stycznia 1945 roku przez żołnierzy 52 Armii lub 5 Gwardyjskiej Armii w czasie ofensywy styczniowej Armii Czerwonej zakończyło w miejscowości rządy reżimu III Rzeszy.
W 1960 r. Secemin miał 1802 mieszkańców. 50% z nich utrzymywało się z rolnictwa.
W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Secemin.