W 1502 roku Mikołaj Bartnicki kustosz katedry płockiej, sekretarz wielki koronny i właściciel Pokrytek wystąpił z prośbą o nadanie swej posiadłości praw miejskich. W 1503 r. król Aleksander Jagiellończyk dozwala księdzu Mikołajowi z Bartnik, swemu dworzaninowi lokować miasto w miejscu 2 wsi dziedzicznych Pokrytki, przyległych do siebie. 21 maja 1505 r. Pokrytki otrzymały miejskie prawo chełmińskie (Myedzyborze ex villa Pokrythy 1505). Nowe miasto nosiło nazwę Międzyborze (Myedziborze 1551 r.). W II połowie XVI w. nastąpiła zmiana w Niedzbórz (Niedzborz 1570 r. 1578 r.). Lokacja z 1503 r. wyraźnie dotyczyła 2 wsi Pokrytki, ale wbrew literze dokumentu jedna z tych wsi nie została włączona do nowo lokowanego miasta.
20 sierpnia 1944 r. w Pokrytkach oddziały partyzanckie wchodzące w skład Brygady Armii Ludowej "Synowie Ziemi Mazowieckiej" pod dowództwem mjr. Władysława Marchoła "Mazura" stoczyły największą bitwę partyzancką na wcielonych do Rzeszy ziemiach polskichTomasz Chludziński, Janusz Żmudziński "Mazowsze, mały przewodnik" Wyd. Sport i Turystyka Warszawa 1978 s. 200. 2 bataliony AL starły się z dwoma batalionami Waffen SS wspieranymi przez własowców i żandarmerię wyposażonymi m.in. w artylerię lekką, broń pancerną i wspartymi przez lotnictwo. Po ciężkiej, całodniowej walce oddział partyzancki wyrwał się z okrążenia.