Innymi istotnymi szkołami byli pitagorejczycy i atomiści. W południowej Italii Pitagoras skupił wokół siebie grono uczniów, nauczając o matematycznej strukturze rzeczywistości. Zasadą podstawową była dla nich liczba, która stanowiła podstawowy element rzeczy. Pitagoras odkrył zależność między długością struny instrumentu muzycznego a tonem jaki ona wydaje i sformułował hipotezę o kulistości Ziemi. Z kolei atomiści (Leukippos, Demokryt) głosili materialny charakter rzeczywistości, składającej się z małych i niepodzielnych elementów nazwanych przez nich atomami. Idee te miały istotny wpływ na rozwój nowożytnej nauki.
W dziedzinie geografii i historii duże zasługi położyli logografowie jońscy, uczeni opisujący odległe obszary świata, historię Greków i innych ludów. Najwybitniejszy z nich, Hekatajos z Miletu, odbywał dalekie podróże, opisując dalekie kraje i ludy w dziełach Obejście świata i Genealogia. Po upadku powstania jońskiego w 494 p.n.e. greccy uczeni z Azji Mniejszej przenieśli się do Grecji europejskiej, a zwłaszcza do Aten. Historycy działający w Atenach zapoczątkowali naukową historię.