Wymieniona została po raz pierwszy w łacińskojęzycznym dokumencie z 1452 pod zlatynizowaną staropolską nazwą „Nyethopirek”, 1464 „Nyetopirek”, 1499 „Nyethopyrek”, 1510 „Nyetopyrek”, 1520 „Nyetoperek, Nietoperek”, 1563 „Nietopyrek”, 1564 „Niethoperek”, 1564-1565 „Niedoperek”, 1580 „Nietoperek”, 1616-1620 „Niedoperek”, 1622-1624 „Nietoperek”, 1659-1665 „Nietoperek” .

Według językoznawców nazwa pochodzi od staropolskiego apelatywu „nietoperz” oznaczającego latającego ssaka z grupy rękoskrzydłych (łac. Chiroptera) z dodaniem sufiksu „-ek”. W nazwie nastąpiło przejście „-yr” w „-er”. Notowano rakże formę „Niedoperek” z twardą spółgłoską „-d”.

Po rozbiorach Polski niemiecka nazwa wprowadzona została urzędowo przez pruską administrację. W XIX wieku notowano także polską nazwę. W 1886 zanotowano polską nazwę „Nietoperek” oraz niemiecką „Nipter”.

Historia Wieś w średniowieczu była królewszczyzną czyli własnością królów polskich i przynależała do zamku międzyrzeckiego. Na przełomie XV i XVI wieku miejscowość była siedzibą własnej parafii w dekanacie międzyrzeckim i leżała w starostwie międzyrzeckim, powiecie poznańskim Korony Królestwa Polskiego.