Przed II wojną światową przez wieś biegła wąskotorówka (Rastenburger Kleinbahn) z Kętrzyna do Gierdawy (Żeleznodorożnyj). Linia została otwarta w 1917. Przed 1939 rokiem wąskotorówka została zamknięta z powodu nieopłacalności lecz wojna uchroniła sieć kolejową, która i tak była głównie wykorzystywana przez właścicieli okolicznych majątków do przewozu płodów rolnych, głównie buraków cukrowych do Kętrzyna. W 1945 r. Rosjanie tory rozebrali i wywieźli.
W czasie II wojny światowej w Mołtajnach zatrudnieni byli przy pracach polowych jeńcy wojenni z kampanii wrześniowej. Jeńców na noc zamykano w baraku nad Jeziorem Arklickim.
W latach siedemdziesiątych XX w. w Mołtajnach wybudowano agroosiedle (blokowisko) z domem kultury i kotłownią C O w celu zapewnienia mieszkań dla pobliskich PGR. Budynki znajdują się w administracji Spółdzielni Mieszkaniowej "Mołtajny", która jest także administratorem budynków w Wopławkach.
Mołtajny są sołectwem do którego obok Mołtajn należą: Arklity, Błędowo, Górki i Markuzy. W latach 1973–1977 sołectwo Mołtajny należało do gminy Skandawa.
Kościół Parafia św. Anny w Mołtajnach należy do Dekanatu Kętrzyn II.