W 1537 r., wkrótce po utworzeniu świeckiej państwowości Prus Książęcych, lokowano tu na 10 włókach wieś czynszową. Kasper von Aulack, starosta książęcy, sprzedał w tym celu ziemię braciom z Turowa w starostwie straduńskim - Janowi, Augustynowi, Wojtkowi i Jakubowi Pietraszewiczom. Była to największa lokacja wiejska w ówczesnym starostwie oleckim. Transakcję potwierdził 11 października 1541 roku książę Albrecht.
Ewangelicką parafię i szkołę parafialną założono prawdopodobnie równocześnie z powstaniem wsi. Potwierdza to istnienie wcześniejszego osadnictwa.
W XVII i XVIII wieku Mieruniszki były w posiadaniu Ciesielskich i Dzięgielów (polska szlachta). Dzięki przygranicznemu położeniu z Suwalszczyzną miejscowość rozwijała się pod względem gospodarczym. W 1860 r. był w Mieruniszkach urząd pocztowy oraz komora celnaRyszard Demby OLECKO Czasy, ludzie, zdarzenia, Urząd Miejski w Olecku, 2000. W 1871 r. wieś wraz z państwem pruskim weszła w skład Niemiec. W 1911 r. oddana została do użytku kolej wąskotorowa, łącząca Mieruniszki z Oleckiem.
W 1938 podczas tzw. chrztów hitlerowskich ówczesna niemiecka administracja nazistowska zmieniła historyczną nazwę pochodzenia jaćwieskiego Mierunsken na Merunen.