thumb|Tereny pod panowaniem Habsburgów w 1547 Wraz z abdykacją Karola V w 1556 dynastia podzieliła się na dwie główne linie. Hiszpańską zapoczątkował Filip II, syn cesarza, który w 1580 objął także tron portugalski. Jego potomkowie zasiadali na nim w Lizbonie do 1640, kiedy Portugalczycy zbuntowali się i wybrali własnego władcę. Linia hiszpańska wygasła wraz z bezpotomną śmiercią Karola II (1661–1700). Tron hiszpański próbowała objąć austriacka linia dynastii, wysuwając arcyksięcia Karola (późniejszego cesarza Karola VI) jako Karola III, jednak w wyniku wojny o sukcesję hiszpańską Habsburgom przypadły jedynie Niderlandy Hiszpańskie (Belgia) i część posiadłości we Włoszech, reszta imperium przeszła w ręce Filipa V, wnuka króla Francji Ludwika XIV.
thumb|„Paw” Habsburgów thumb|Maria Teresa i Franciszek I z dziećmi Linię austriacką zapoczątkował Ferdynand I (1503–1564). Arcyksiążęta Ernest Habsburg i Maksymilian III Habsburg kandydowali do tronu polsko-litewskiego w pierwszych wolnych elekcjach w 1575 i 1587. W czasie panowania Ferdynanda II podczas wojny trzydziestoletniej Habsburgowie przejściowo utracili tron czeski (wybrano tam na króla Fryderyka V, elektora Palatynatu – tzw. „król zimowy” 1619/1620) i węgierski (1619–1621 wybrano królem księcia Siedmiogrodu Gabora Bethlena).