Termin „homofobia” został w 1993 r. skrytykowany w artykule naukowym jako często używany do nieuprawnionej pejoratywnej oceny, analogicznie do błędnej konstrukcji tzw. „choroby homoseksualnej” w przeszłości. Autorzy artykułu postulowali w nim konieczność dalszych prac nad konsensusem w sprawie jednoznacznej i jasnej definicji homofobii. Wskazywali też, że może istnieć rodzina pokrewnych terminów o bardzo różnym stopniu ogólności, ramach której z bardzo ogólnych terminów (np. „homonegatywność”) będzie można wyodrębnić podzbiory (np.: „homofobia”, „homoagresywność” itp.).
18 stycznia 2006 Parlament Europejski w swojej rezolucji zdefiniował homofobię jako „nieuzasadniony lęk i niechęć wobec homoseksualności oraz osób homoseksualnych, biseksualnych i transseksualnych, oparte na uprzedzeniach, podobnie jak rasizm, ksenofobia, antysemityzm i seksizm”.
Klasyfikacja przejawów