Na terenie wsi znajduje się również odkryte w miejscowym lesie cmentarzysko kurhanowe dawnej osady pochodzące co najmniej z IX wieku. Jak podaje Jan Długosz tutejsza parafia została założona w 990 r. Według miejscowej tradycji, Kleczanów mógł mieć nawet status miasta. W 1240 r. został jednak całkowicie zniszczony podczas najazdu Tatarów. Ludność Kleczanowa została wymordowana, zniszczeniu uległ też pierwotny kościół. Kolejny najazd tatarski nastąpił w 1287 r. Na przełomie XIII i XIV wieku wieś została odbudowana. Pod koniec XVII wieku, rozebrano dawny kościół i wzniesiono nowy, który stoi w Kleczanowie do dzisiaj. Do 1819 r. wieś była własnością klasztoru Norbertanek, najpierw w Krzyżanowicach, a potem w Busku.
W 1864 w wyniku uwłaszczenia chłopów przeprowadzonego na mocy ukazu cara Aleksandra II Romanowa mieszkańcy Kleczanowa stali się właścicielami posiadanej ziemi i budynków, natomiast folwark w latach 1864–1919 należał do rosyjskiego administratora, Chruszczewa, który otrzymał majątek w tej okolicy, w nagrodę za tłumienie powstania styczniowego. W 1919 folwark w Kleczanowie został rozparcelowany.