Na początku 1496 roku opuścił Kraków i udał się do Norymbergi, gdzie ponownie nabył obywatelstwo. Tam również skupił się na twórczości, mimo że w przeciwieństwie do Krakowa, w Norymberdze działali uznani artyści jak Peter Vischer starszy, Adam Kraft czy Simon Lainberger. W 1500 roku popadł w kłopoty finansowe: na prośbę Jakuba Bonera pożyczył 1265 guldenów przedsiębiorcy Hansowi Startzedelowi. Starzedel był jednak bankrutem i za pożyczone pieniądze musiał spłacić swoich wierzycieli, w tym Bonera. Gdy Stwosz się o tym dowiedział, wytoczył proces Bonerowi, jednak przy niekorzystnym obrocie spraw, w 1503 roku sfałszował jego weksel. Doprowadziło to do podejrzenia fałszerstwa, przez co rzeźbiarz wyznał prawdę i schronił się w klasztorze karmelitańskim u swojego syna Andrzeja. Mimo to 16 listopada 1503 roku został aresztowany, jednak dzięki wstawiennictwu biskupa Würzburga Lorenza z Bad Bibra i rycerzy frankońskich nie poniósł kary śmierci. 4 grudnia został ukarany przez wypalenie znamienia rozgrzanym żelazem na obu policzkach i dożywotni zakaz opuszczania miasta. W następnym roku przegrał proces cywilny z Bonerem i uciekł z Norymbergi do Münnerstadt, gdzie zamieszkał u swojego zięcia Jörga Trummera. Doprowadziło to do walk między Radą Miejską Norymbergi a rycerzami i sojusznikami Trummera.