Mikroskoczek nie jest więc najmniejszym skoczkowatym, mniejszy od niego jest choćby skoczuszek pustynny, mierzący 40–58 mm długości głowy i tułowia i ważący 7–13 g czy ważący tyle samo skoczuszek blady.
Autorzy opisują szarawe bądź czerwonobrązowe czy gliniastoszare głowę i tułów, rzadziej zaś barwy popiołu bądź brązowej ochry. Biel pojawia się na brzuchu i bokach zwierzęcia.
Mikroskoczki w przeciwieństwie do niektórych innych skoczkowatych, w szczególności skocznika, mają niewielkie, krótkie, tubkowate małżowiny uszne. Również mikroskoczek pięciopalczasty ma krótkie, tubkowate uszy. Z kolei jego bullae auditivae są znacznie poszerzone i silnie wystają spod mózgoczaszki w kierunkach bocznych i tylnym. Badacze wskazują również dużą jamę żwaczową, całkowicie podzieloną na 4 sekcje przez przegrodę. Jest ona dwa razy taka jak jama bębenkowa.