W 1523 roku, w okresie reformacji, dziewięciu mnichów i jedna siostra zakonna opuścili klasztor i przeszli na luteranizm. W 1546 roku placówka ewakuowała się do Monachium w obawie przed rozwijającym się związkiem szmalkaldzkim. W 1632 roku, podczas wojny trzydziestoletniej, klasztor został najechany przez wojska szwedzkie. Ucierpiał również podczas epidemii dżumy w 1634 roku i głodu rok później. W podobnym okresie urząd męskiego przeora zaczął nabierać coraz większej wagi (de iure, zgodnie z dekretami św. Brygidy, wyżej w hierarchii stawiano ksieni). W 1692 roku opactwo nabyło dom przy w Rzymie, w którym mieszkała założycielka zakonu, i założyło tam swoją filię, która istniała 1797 roku (zamknięto ją wskutek zajęcia miasta przez wojska napoleońskie). Opactwo pozyskało z Rzymu liczne relikwie, w tym laskę i kubek św. Brygidy. W 1730 roku wzniesiono nowy, barokowy kompleks męskiego klasztoru. W 1735 roku założono nowy cmentarz w miejscowości, a w 1737 roku przeor Jakob Scheckh ufundował kaplicę cmentarną pw. Matki Bożej Loretańskiej. W 1763 roku rozpoczęto budowę nowego kościoła klasztornego wg projektu Johanna Michaela Fischera, który zastąpił XI-wieczną, romańską bazylikę. Ołtarze i rzeźby wykonał , a freski – Josef Magges.