W lipcu 2020 roku władze Slovana Bratysława skorzystały z opcji pierwokupu i podpisały z Mustaficiem czteroletnią umowę. Wkrótce po tym wypożyczono go na rok do FC Nitra, gdzie był podstawowym środkowym pomocnikiem. 1 listopada 2020 zdobył swoją pierwszą bramkę w słowackiej lidze w meczu ze Slovanem Bratysława na stadionie rywala, wygranym 1:0. Było to pierwsze wyjazdowe zwycięstwo FC Nitra nad tym przeciwnikiem od 40 lat. Ogółem w sezonie 2020/21 rozegrał on 31 ligowych spotkań i strzelił 2 gole, a jego zespół spadł do 2. ligi.
Po powrocie do Slovana Mustafić wystąpił w eliminacjach Ligi Mistrzów UEFA 2021/22. Jego klub ostatecznie zakwalifikował się do fazy grupowej Ligi Konferencji UEFA, jednak on sam nie został on zgłoszony do rozgrywek. W sezonie krajowym 2021/22 wywalczył ze Slovanem mistrzostwo Słowacji, a także dotarł z nim do finału Pucharu Słowacji, w którym strzelił bramkę w przegranym 1:2 starciu ze Spartakiem Trnawa. W rundzie jesiennej sezonu 2022/23 Mustafić wygrał ze Slovanem Bratysława grupę H w Lidze Konferencji UEFA, grając we wszystkich 6 meczach tej fazy.