O pierwszym kościele nie ma żadnych wiadomości, zakłada się, że świątynia została zniszczona podczas licznych najazdów tatarskich jakie miały miejsce w XV wieku. Kolejny kościół musiał zostać wzniesiony przy reerygowaniu parafii w 1509 roku, jednak pierwsze zachowane informacje datowane są 100 lat później. W 1603 roku biskup chełmski Jerzy Zamoyski wizytował drewniany kościół, który był w złym stanie. Zakrystia była zawalona i nie było posadzki we wnętrzu świątyni. W ciągu kolejnych lat zbudowano nowy kościół, także drewniany, bo wizytacja z 1637 roku wspomina o nowej świątyni. Ta również popadła w ruinę i w 1671 roku nie było nawet zakrystii. Nową świątynię ufundowała w r. 1700 Anna z Ożgów Wielhorska, kasztelanowa wołyńska. Drewniany kościół wyposażono początkowo w dwa ołtarze, w 1726 roku odnotowano trzy nastawy. Niestety, kościół został zniszczony w 1733 roku przez wojska kozackie i w kolejnych latach odbudowany. Drewniana budowla często potrzebowała remontów, jej zły stan techniczny wzmiankowano w latach 1771, 1775, kiedy podwaliny przegniły, a ściany kościoła zaczęły się pochylać i w 1821. W latach 1807-1837 parafia w Dobrotworze nie była obsadzona i obsługiwana jedynie przez administratorów z Kamionki Strumiłłowej. Gruntowny remont świątyni przeprowadzono w latach 1825-1828, a kolejne prace m.in.