Następnie rozpoczął studia medycyny na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie. W listopadzie 1918 brał udział w obronie Lwowa przed Ukraińcami. Walczył na Dworcu Czerniowieckim, a potem organizował pierwszy polowy szpital na Politechnice. W 1920 brał udział w walkach z bolszewikami podczas ofensywy Tuchaczewskiego.
W Wojsku Polskim awansowany na porucznika w korpusie oficerów sanitarnych grupie podlekarzy ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919. Po śmierci ojca Julian Emil Berenhaut i jego matka Rózia Berenhaut w 1922 wnioskowali o zmianę nazwiska na Niedźwirski. Jako oficer nadetatowy 6 Batalionu Sanitarnego ze Lwowa z przydziałem do Szpitala Rejonowego w Stanisławowie około lat 1923, 1924 był odkomenderowany na studia na Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie. Urząd Wojewódzki we Lwowie rozporządzeniem z 17 kwietnia 1923 roku zezwolił mu na zmianę nazwiska rodowego „Berenhaut” na nazwisko „Niedźwirski”. W 1925 uzyskał dyplom lekarza na UJK. Awansowany na kapitana ze starszeństwem z dniem 1 lipca 1925. W 1928 już ze stopniem doktora pozostawał w 6 Pułku Lotniczym. Figurował wówczas jeszcze jako „Emil Julian Niedźwirski”, a w 1932 już jako „Julian Emil Niedźwirski”. W tym roku był oficerem Centrum Wyszkolenia Podoficerów Lotnictwa w Bydgoszczy. Łącznie spędził tam sześć lat.