Preparaty skoniugowane zapewniają zwykle dłuższą ochronę, lepszą odpowiedź po dawkach przypominających i silniej wpływają na odporność populacyjną niż szczepionki polisacharydowe.
Dwuwalentne (serogrupy C i Y) W 2012 roku w USA dopuszczono do stosowania szczepionkę skojarzoną Menhibrix, która chroni przed meningokokami serogrup C i Y oraz przed Haemophilus influenzae typu b. Była to pierwsza szczepionka meningokokowa przeznaczona dla niemowląt już od 6. tygodnia życia.
Serogrupa A Szczepionka MenAfriVac, opracowana w ramach Meningitis Vaccine Project, została stworzona z myślą o zapobieganiu epidemiom wywoływanym przez meningokoki serogrupy A w Afryce Subsaharyjskiej.
Serogrupa B Przeciw meningokokom serogrupy B dostępne są dwie licencjonowane szczepionki: Bexsero oraz Trumenba. W Wielkiej Brytanii szczepionkę Bexsero podaje się rutynowo niemowlętom, ponieważ to właśnie w tej grupie wieku ryzyko zachorowania na meningokokowe zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych grupy B jest największe.