Kult W XI w. miał istnieć w Costano kościół dedykowany św. Rufinowi męczennikowi, co potwierdza dokument zachowany w archiwum kapitulnym. Z tego miejsca, według kazania wygłoszonego na cześć świętego biskupa przez św. Piotra Damianiego, jego szczątki przeniesiono do Asyżu, dokładnie w miejsce, w którym obecnie usytuowana jest katedra (). Romańska katedra w Asyżu jest trzecim kościołem wzniesionym nad grobem męczennika. Pierwszy został wzniesiony w 412 roku, zgodnie z epigrafem zachowanym w katedrze oraz dokumentem pochodzącym z 1007 roku. W swoim kazaniu św. Piotr Damiani wymienia drugi kościół z XI wieku wybudowany w czasach biskupa Hugona (). Z drugiej świątyni zachowała się dzwonnica i krypta.
W 1212 roku relikwie św. Rufina zostały przeniesione do prezbiterium katedry.
Od XI wieku datę obchodów ku czci świętego ustalano na 11 sierpnia, choć błędy późniejszych kopistów w Martyrologium Rzymskim spowodowały przesunięcie święta patronalnego na 30 lipca. W Asyżu i diecezji święto św. Rufina obchodzone jest 12 sierpnia, ponieważ 11 sierpnia przypada obchód uroczystości św. Klary. Na cześć świętego patrona odbywa się w Asyżu w ostatnią niedzielę sierpnia tradycyjne Palio św. Rufina () — historyczne zawody i święto miejskie z rywalizacją między dzielnicami.