W drugiej połowie września 1939 dostał się do niemieckiej niewoli w okolicy Siedlec, do lipca 1940 przebywał w obozie jenieckim Stalag I A Stablag, po czym powrócił do Poznania. Podjął pracę w niemieckiej firmie w Lesznie, a od 1941 jako księgowy w Poznaniu. Od września 1940 działał w Organizacji Ziem Zachodnich „Ojczyzna”, został w niej zastępcą i szefem Wydziału Organizacyjnego, współorganizował jej komórki m.in. w Lesznie. Do października 1940 był także zastępcą szefa Wydziału Gospodarki w Delegaturze Rządu na Kraj Poznań. Następnie w ramach tej delegatury był od września 1941 zastępcą kierownika, a od grudnia 1941 kierownikiem Biura Delegata (faktycznie działalność była minimalna ze względu na ryzyko aresztowania). W kwietniu 1942 przedostał się do Warszawy, gdzie zalegalizował się pod nazwiskami Józef Frieske i Józef Krzyżański. Objął kierownictwo Wydziału Organizacyjnego w centrali „Ojczyzny”, organizował jej zjazd, a także został zastępcą szefa organizacji Jana Jacka Nikischa. Po aresztowaniu Stanisława Tabaczyńskiego został reprezentantem swojej organizacji w Biurze Zachodnim Delegatury Rządu na Kraj. Okres powstania warszawskiego spędził na Starym Mieście, był strzelcem w ramach Zgrupowania Kuba-Sosna, w tym batalionie „Łukasiński”, zajmował się redakcją powstańczego pisma „W walce”.