Działalność społeczna i niepodległościowa Bukowski od 1987 pełnił funkcję przewodniczącego Komitet Opieki nad Kopcem Józefa Piłsudskiego przy Towarzystwie Miłośników Historii i Zabytków Krakowa. Kierował pracami przy odnowie Kopca Józefa Piłsudskiego oraz współorganizował przedsięwzięcia patriotyczne związane z tradycją piłsudczykowską i pamięcią o miejscach walk o niepodległość.
Był również członkiem kolegium redakcyjnego wydawanego przez Centrum Dokumentacji Czynu Niepodległościowego oraz Komitet Opieki nad Kopcem Józefa Piłsudskiego Biuletynu Historycznego „Sowiniec”. Pełnił funkcję rzecznika Porozumienia Organizacji Kombatanckich i Niepodległościowych w Krakowie.
W 2022 został wyróżniony tytułem członka honorowego Towarzystwa Miłośników Historii i Zabytków Krakowa.
Działalność harcerska Jerzy Bukowski należy do grona instruktorów, którzy w lutym 1989 roku powołali do życia ZHR. Był członkiem Komitetu Założycielskiego tej organizacji. W 1990 pełnił funkcję rzecznika prasowego ZHP–1918. W późniejszym okresie związany ze środowiskiem krakowskim i Okręgiem Małopolskim ZHR.
Publikacje Jest autorem książki Zarys filozofii spotkania.
Jest także współautorem książki Historia Kopca Józefa Piłsudskiego 1934–2002.