W południowej części parku znajdują się gorące źródła świadczące o aktywności tektonicznej regionu, a drewniane kładki umożliwiają podziwianie krajobrazu wraz z obserwacją bawołów kąpiących się w ciepłym błocie oraz licznych stad flamingów.
Centralnym elementem obszaru chronionego jest słone Jezioro Manyara, którego brzegi stanowią ważne siedlisko dla dziesiątek tysięcy flamingów. Park charakteryzuje się wysoką różnorodnością awifauny. Stwierdzono tu występowanie ponad 350 gatunków ptaków.
Flora Szata roślinna jest zróżnicowana przestrzennie. Na terenach płaskich typową roślinnością są zbiorowiska trawiaste jak sawanny, gdzie rośnie tu wiele gatunków palm. W rejonach przylegających do zboczy rowu występują m.in. baobaby, figowce, wilczomlecze, oraz akacje.
Fauna Fauna parku obejmuje wszystkie charakterystyczne dla regionu duże gatunki ssaków Afryki Wschodniej. Szczególną cechą Parku Narodowego Jeziora Manyara jest obserwowane tu zachowanie lwów, które w ciągu dnia odpoczywają, wylegując się na gałęziach drzew, zwłaszcza akacji. Spotyka się tu też wiele chronionych gatunków zwierząt, m.in.