Dla małych silników spalinowych sprawność może istotnie spadać. Przykładowo, silnik czterosuwowy 67 ml po konwersji na wodór, badany na hamowni w najlepszym punkcie pracy, osiągnął 21% sprawności. W badaniach drogowych lekkiego pojazdu z silnikiem 107 ml (Honda GX110) uzyskano obliczeniowo 3,5%–5,9% sprawności średniej i 7,5% szczytowej; raportowano także zużycie wodoru w funkcji prędkości.
Emisje zanieczyszczeń mały|Widok silnika HICEV w pojeździe koncepcyjnym Iveco Spalanie wodoru z tlenem prowadzi do powstania pary wodnej: 2H2 + O2 → 2H2O
Ponieważ powietrze zawiera azot, spalanie wodoru w powietrzu może wytwarzać tlenki azotu (NOx), podobnie jak spalanie innych paliw w wysokiej temperaturze. Z tego powodu silniki spalinowe na wodór nie są uznawane za „zeroemisyjne”.
Pod koniec 2021 roku niemal 96% światowej produkcji wodoru pochodziło z paliw kopalnych (głównie z gazu ziemnego, węgla i ropy), a ok. 4% z elektrolizy. Oznacza to, że choć emisje związane z samym wykorzystaniem wodoru mogą być niskie, łączne emisje gazów cieplarnianych zależą przede wszystkim od tego, w jaki sposób wodór został wytworzony.