W lutym 1942 roku odszedł ze służby w ŻSP i został kierownikiem Biura Kwaterunkowego Judenratu. Był bohaterem skeczu Henryka Nowogrodzkiego, w którym przedstawiony został jako nienaganny formalista.
Od wiosny do lipca 1942 roku był wykładowcą na konspiracyjnych kursach prawa organizowanych przez Mieczysława Ettingera. W getcie mieszkał przy ulicy Siennej 30. Podczas wielkiej akcji likwidacyjnej zginął jego brat oraz rodzice. 24 stycznia 1943 roku wraz z lekarką Ludmiłą Zeldowicz opuścił getto, wcześniej upewniając się w rozmowie z Markiem Lichtenbaumem, że nie jest już potrzebny na stanowisku kierownika Biura Kwaterunkowego i zwalniając się z pracy. Po opuszczeniu getta początkowo ukrywali się w mieszkaniu Władysława Jakimowicza przy ulicy Bonifraterskiej, następnie, dzięki pomocy Henryka i Haliny Kotlickich, przenieśli się do mieszkania Zenona Skierskiego na Saskiej Kępie. Po jakimś czasie w mieszkaniu na Saskiej Kępie pojawili się uzbrojeni szantażyści, którzy zostali jednak przez nich przekupieni. W związku z tym opuścili mieszkanie i udali się do Anina, gdzie ukryli się w domu dawnej pacjentki Zeldowicz, Zofii Gałeckiej-Jaśkiewicz, tam doczekali wkroczenia Armii Czerwonej. Zeldowicz i Adler podczas ukrywania się byli wspierani finansowo przez Żydowski Komitet Narodowy.