W roku 1864, po ostrej wymianie zdań z Lincolnem (który nie lubił go osobiście)W połowie 1862 r. doszło do kryzysu gabinetowego, Chase, mając poparcie sekretarza wojny Stantona, próbował doprowadzić do ustąpienia sekretarza stanu Sewarda. Powodem miała być jakoby ugodowa polityka Sewarda dążącego do pokoju bez zwycięstw. Dzięki roztropności Lincolna kryzys zdołano zażegnać (prezydent nie przyjął złożonych przez obu ministrów rezygnacji). Krzysztof Michałek, Na drodze ku potędze Warszawa 1991, s. 40., złożył dymisję i został mianowany 6. prezesem Sądu Najwyższego. Na tym stanowisku przewodniczył procesowi o impeachment prezydenta Andrew Johnsona w 1868, w rok później orzekał w sprawie Texas v. White.
Chase wykorzystał możliwości Departamentu Skarbu, aby zacząć budować poparcie dla swojej nominacji na stanowisko prezydenta w wyborach 1864 r. Pojawienie się niezadowolenia z polityki rekonstrukcyjnej Lincolna wzmocniło jego sprawę. W grudniu 1863 r. w Waszyngtonie ukształtował się komitet Chase’a z senatorem Samuelem C. Pomeroyem z Kansas na czele. Ostatecznie, w wyniku braku wystarczającego poparcia, Salmon Chase zrezygnował z kandydowania.