W 1483 jedna piąta mnichów zmarła podczas epidemii. W 1549 powołano gimnazjum klasztorne. Placówka przeszła kryzys w czasach reformacji, w 1566 roku posługiwało tu jedynie trzech mnichów. Ponowny impuls do rozwoju przyniosła kontrreformacja. W latach 1613–1639, za sprawą opata , późniejszego biskupa wiedeńskiego, kompleks przebudowano w stylu barokowym wg projektu Jakoba Prandtauera. W XVIII wieku klasztor był ośrodkiem naukowym, część mnichów wykładała np. na Uniwersytecie w Salzburgu. W latach 1749–1758 wzniesiono tu obserwatorium astronomiczne. W 1777 roku obchodzono tysięczną rocznicę powstania kompleksu, wówczas placówka osiągnęła szczytową liczbę zakonników – 113. Klasztor uniknął likwidacji podczas kasaty józefińskiej, zabroniono jednak przyjmowania nowicjuszy. Sytuacja gospodarcza była napięta, również z powodu wojen napoleońskich. W 1804 założono tu seminarium duchowne, a w 1891 roku wzniesiono nowy budynek gimnazjum.