28 listopada tego samego roku projekt zaakceptował Marcelo Caetano, ówczesny minister ds. kolonii.
Budowa kościoła trwała w latach 1946–1947. Pracami kierował João Simões we współpracy z Galhardo Zilhão. Konsekracji świątyni w grudniu 1950 roku towarzyszyły liczne uroczystości, które rozpoczęły się 7 grudnia o godzinie 16:00. Brał w nich udział m.in. biskup diecezji Santiago de Cabo Verde, oraz gubernator Gwinei Portugalskiej, . Następnego dnia o godzinie 11:00 odbyła się msza pontyfikalna, zaś 9 grudnia ulicami miasta przeszła procesja do nowej świątyni.
W 1953 roku w okna wstawiono zachowane do dziś witraże, a w 1954 roku w kościele zamontowano organy i piorunochron.
21 marca 1977 roku świątynia została podniesiona do godności katedry i stała się siedzibą diecezji Bissau podlegającej bezpośrednio Stolicy Apostolskiej. Pierwszym biskupem Bissau został pochodzący z Włoch franciszkanin, o. . W czasie trwającej w Gwinei Bissau w latach 1998–1999 , 9 sierpnia 1998 roku biskup Ferrazzetta wygłosił emocjonalne kazanie, w którym skrytykował przemoc panującą w kraju.