Historia Pierwsze wzmianki o Czerniczynie pochodzą z 1142 roku. Średniowieczny kronikarz wspomina osadę Czernieczks (Czerniczyn) – prawdopodobnie jeden z Grodów Czerwieńskich. Następnie w roku 1429, kiedy to pobliski Hrubieszów (wówczas Rubieszów) stał się siedzibą sądowego powiatu ziemskiego. 15 marca 1627 roku Zygmunt III Waza oddał synowi Władysławowi IV starostwo rubieszowskie, w jego skład wchodził Czerniczyn i inne okoliczne wsie. W 1800 roku Ignacy Cetner ze swoją córką Anną Potocką sprzedali we Lwowie Hrubieszów wraz z kilkoma wsiami, wśród których był Czerniczyn, Aleksandrowi i Annie z Zamoyskich książętom Sapiehom, zaś oni ks. Stanisławowi Staszicowi. Od 1816 roku zaś wszedł w skład Towarzystwa Rolniczego Hrubieszowskiego. W XV wieku istniała już w Czerniczynie parafia łacińska, a po spaleniu się kościoła na początku wieku XVII, wieś przyłączono w roku 1629 do parafii Hrubieszów. Z czasem w Czerniczynie powstała parafia unicka. W okresie kasaty unickiej diecezji chełmskiej w 1875 uległa ona likwidacji, a w jej miejsce utworzono prawosławną. Od roku 1948 Czerniczyn był filią parafii rzymskokatolickiej w Hrubieszowie. Oddzielna parafia rzymskokatolicka została ponownie erygowana, 20 czerwca 1957 r., przez bp. Piotra Kałwę. Poza budynkiem kościelnym otrzymała 0,57 ha ziemi. We wsi znajduje się kościół parafialny pw.