Z uwagi na wybuch II wojny światowej nie wrócił do szkoły w Rydzynie i pozostał w Warszawie. Jego ojciec i pozostała część rodziny wyjechali do placówki ministerstwa w Dubnie. Henryk, wraz ze swoim przyjacielem , podjął próbę dotarcia do gromadzącej się za brzegiem Bugu polskiej armii lub rodziny w Dubnie. Z wyprawy na wschód musieli jednak zawrócić. W drodze powrotnej, kilkuosobową grupę w której podróżował zaatakował niemiecki samolot Storch. Po zastrzeleniu operatora karabinu maszynowego przez Henryka, samolot odleciał. Po powrocie do Warszawy dołączył do Armii Krajowej, w której otrzymał jednak urlop z uwagi na uczestnictwo w tajnych kursach architektonicznych na Politechnice Warszawskiej. Jeszcze podczas wojny, będąc wyróżniającym się studentem, rozpoczął pracę w zakonspirowanej Pracowni Architektoniczno-Urbanistycznej, którą prowadzili architekci: Zygmunt Skibniewski, Kazimierz Marczewski oraz Stanisław Rychłowski. Pracownia ta zajmowała się badaniami nad budownictwem mieszkaniowym oraz tworzeniem planu ogólnego Warszawy.