Ocena działalności mały|Muhammad al-Isa podczas obchodów 75. rocznicy wyzwolenia niemieckiego nazistowskiego obozu Auschwitz-Birkenau (2020) W 2019 roku o jego działalności pozytywnie wypowiedział się prezydent Senegalu Macky Sall. Prezydent Kościoła Jezusa Chrystusa Świętych w Dniach Ostatnich Russell M. Nelson nazwał Muhammada al-Isę budowniczym pokoju oraz budowniczym mostów, a kardynał Timothy Dolan określił go najbardziej elokwentnym w świecie islamskim rzecznikiem pojednania i przyjaźni międzyreligijnej.
Działania Al-Isy przeciwko antysemityzmowi oraz islamofobii zostały docenione przez żydowskie organizacje American Jewish Committee, American Sephardi Federation i Combat Antisemitism Movement. Według AJC Al-Isa jest najbardziej wpływowym w świecie muzułmańskim głosem promującym umiarkowany islam. Jego działalność została pozytywnie oceniona także przez prezydenta Yeshiva University Ariego Bermana, a w sporządzonych przez Departament Stanu Stanów Zjednoczonych raportów dotyczących terroryzmu z lat 2019 i 2020 roku został w nich opisany jako podkreślający potrzebę dialogu i tolerancji innych wyznań, a także doceniony za promowanie umiarkowanego islamu.