Kościół konsekrowano w 1330, a jego układ przestrzenny oraz wiele innych detali architektonicznych świadczą o wpływie budowli z Alcobaçy. Obok klasztoru królowa zbudowała szpital dla ubogich wraz z cmentarzem i kaplicą oraz pałac, w którym później zamieszkali Pedro i Inês de Castro, a w 1355 roku miała miejsce egzekucja tej ostatniej.
Elżbieta zmarła w 1336 i została pochowana w klasztorze w imponującym gotyckim grobowcu. W tym samym XIV wieku dobudowano duży krużganek po południowej stronie kościoła.
Już w rok po konsekracji, w 1331, klasztor i kościół zostały zalane przez pobliską rzekę Mondego. Miejsce, w którym powstał klasztor, okazało się nieodpowiednie, gdyż w kolejnych stuleciach klasztor był wielokrotnie zalewany przez wody rzeki. Z tego powodu podniesiono poziom podłóg w budynkach klasztornych na parterze, aby zmniejszyć szkody wyrządzane przez powódzie. Mimo tych problemów, klasztor otrzymywał częste donacje. Na początku XVI wieku, za panowania króla Manuela I, kościół został udekorowany sewilskimi kafelkami i kilkoma malowanymi ołtarzami.