W 2003 uzyskał stopień doktora habilitowanego nauk technicznych w zakresie inżynierii środowiska – technologii wody i ścieków na podstawie rozprawy Nowe sposoby pomiaru parametrów luminescencyjnych glonów jako wskaźników zmian w środowisku oraz dorobku naukowo-dydaktycznego, nadany przez Radę Wydziału Inżynierii Środowiska Politechniki Wrocławskiej. Opublikował jako autor lub współautor 28 prac naukowych, cztery patenty, trzy zgłoszenia patentowe, jest też autorem jednego wdrożenia. Większość wyników jego badań prezentował na konferencjach krajowych i międzynarodowych w postaci doniesień lub posterów (38 opublikowanych prac i streszczeń). W ramach działalności dydaktycznej prowadził wykłady z fizyki i biofizyki, ćwiczenia z fizyki, biofizyki i informatyki; wykłady i ćwiczenia z elektrotechniki dla studentów kierunku technika rolnicza i leśna. Jest współautorem pięciu skryptów z fizyki, promotorem pięciu prac magisterskich. Należał do Polskiego Towarzystwa Biofizycznego i Polskiego Towarzystwa Agrofizycznego.
Zdzisław Prokowski został pochowany na Cmentarzu Komunalnym w rodzinnym ChociwluZdzisław Prokowski – lokalizacja grobu na Cmentarzu Komunalnym w Chociwlu (dostęp 13.06.2025).