Gazeta była drukowana w drukarni Domu Słowa Polskiego w Warszawie. Siedziba redakcji mieściła się w budynku dawnego żłobka przy ul. Iwickiej 19.
Dziennik, występując wówczas jako pismo całego ruchu obywatelskiego, uzyskał bardzo dużą liczbę czytelników. 26 maja 1989 lokal „Wyborczej” poświęcił biskup Bronisław Dąbrowski.
Po obradach Okrągłego Stołu w czasie kryzysu prezydenckiego 3 lipca 1989 na łamach „Wyborczej” ukazał się artykuł Adama Michnika zatytułowany „Wasz prezydent, nasz premier”, w którym autor opowiedział się za wyborem prezydenta z rekomendacji Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej i jednoczesnym powierzeniem misji utworzenia rządu przedstawicielowi solidarnościowej opozycji, postulując „sojusz demokratycznej opozycji z reformatorskim skrzydłem obozu władzy”. Propozycja ta jest odczytywana współcześnie jako świadectwo wyczucia dążeń obozu solidarnościowego do przejęcia większej władzy, niż było to ustalone przy Okrągłym Stole, jednak oficjalnie spotkała się ze sprzeciwem.