W 1981 został starszym asystentem na Katedrze Fitopatologii Akademii Rolniczej w Szczecinie. Stopień naukowy doktora otrzymał w 1985 po obronie dysertacji Badania nad występowaniem i epidemiologią Septoria nodorum BerkJanusz Błaszkowski w witrynie Wydziału Kształtowania Środowiska i Rolnictwa ZUT w Szczecinie (dostęp 10.03.2025). W latach 1985–2000 pracował jako adiunkt. W 1992 został doktorem habilitowanym nauk rolniczych na podstawie monografii Występowanie grzybów i mikoryz arbuskularnych (Glomales) oraz ich wpływ na wzrost roślin i reakcje na fungicydy. Tytuł profesora nauk biologicznych otrzymał w 2001Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 1 stycznia 2001 r. nr 115-1-01 o nadaniu tytułu naukowego profesora (). na wniosek Rady Wydziału Biologii Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. W latach 1999–2008 pełnił funkcję kierownika Katedra Fitopatologii, w latach 2008–2013 – kierownika Zakładu Ochrony Roślin Wydziału Kształtowania Środowiska i Rolnictwa Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie.
Praca naukowo-dydaktyczna Janusz Błaszkowski prowadzi badania dotyczące taksonomii i ekologii grzybów arbuskularnych mikoryzowych. Wśród przebadanych gatunków jest ok.