Osadnictwo żydowskie na terenie miasta podlegało jednak licznym restrykcjom i zezwalanie na nie odbywało się incydentalnie, wywołując skargi ludności miejscowej oraz rady miejskiej. Jego ograniczenia zostały złagodzone wraz z rozpoczęciem się potopu szwedzkiego w Rzeczypospolitej, z której uchodźców przyjmowano w mieście niezależnie od wyznania w celu ożywienia Bytomia pod względem gospodarczym. W 1656 Urząd Wyższy we Wrocławiu ogłosił całkowite zezwolenie na zamieszkiwanie Żydów w Bytomiu, co spotkało się z nieprzychylną reakcją rady miejskiej, w związku z czym wprowadzone zostały m.in. restrykcje co do wykonywania przez nich niektórych zawodów. Do zmiany tej sytuacji doszło w 1688 za czasów pełnienia władzy nad tym obszarem przez hrabiego Leona Ferdynanda Henckel von Donnersmarcka, który zrównał prawa Żydów i pozostałych mieszkańców miasta.
Do zmiany korzystnego położenia bytomskich Żydów doszło 29 listopada 1708, kiedy Karol VI Habsburg opublikował zarządzenie o usunięciu w ciągu 4 tygodni wszystkich Żydów terenu całego Śląska, jednak już kilka dni później ogłosił edykt tolerancyjny nadający Żydom prawo do mieszkania na Śląsku pod warunkiem opłacenia przez nich specjalnego podatku tolerancyjnego.