Pierwsze wzmianki o wsi pochodzą z roku 1387 - była wówczas w posiadaniu braci Boksy i Wita. Kolejnymi dziedzicami dóbr byli: Witek z Boksyc h. Tarnawa (1400; Vitco), Piotr (1442), Bartosz z Boksyc i jego żona Śmiechna (1460; Bartosz de Boxyce) oraz Anna Kostecka (1578; należało do niej pół łana). Do 1625 roku Boksyce były własnością Marcina Szydłowskiego, później przeszły w ręce rodziny Brzeskich (Jakub Brzeski), Karskich (w 1737 roku od swoich braci nabył je Szymon Michał Karski, łowczy sandomierski i wiślicki, starosta ulanicki) i Jasieńskich herbu Dołęga – potomków posłów na Sejm Czteroletni.
Z Boksyc pochodził żyjący w średniowieczu krakowski profesor Uniwersytetu Krakowskiego Jakub z Bokszyc, któremu Filip Kallimach poświęcił jeden ze swoich wierszy pt. Do Jakuba z Bokszyc oraz Antoni Teodor Karski - w latach 1748-1774 opat zakonu ojców Benedyktynów na Łysej Górze.
Ostatnim właścicielem dworu była Emilia Lucyna Horoch z domu Jasieńska herbu Dołęga (1883-1970), żona barona Zdzisława Horocha z Leszczan herbu Trąby (1884-1945) i prawnuczka Mikołaja Jasieńskiego herbu Dołęga (1732-1827) z Wielkiej Jasiennej.