Działalność i struktura organizacyjna thumb|Pierwsza strona „Dziennika Urzędowego Komisarza Cywilnego przy Dowództwie Obrony Warszawy” nr 2 z 20 września 1939 roku Biuro Komisarza Cywilnego przy Dowództwie Obrony Warszawy tworzyły: sekretariat (zajmujący się m.in. zbieraniem spływających z miasta meldunków) grupa łączności (zapewniająca kontakt z placówkami terenowymi i administracją poszczególnych dzielnic, a także z władzami wojskowymi) działy: ogólny, prawny, finansowy, prasy i cenzury
Osobno od biura Komisarza Cywilnego działały szefostwa poszczególnych służb: administracyjnej – odpowiedzialnej za tworzenie i utrzymywanie aparatu Komisarza Cywilnego. technicznej – odpowiedzialnej za m.in. pomoc wojsku przy budowie umocnień oraz usuwanie zniszczeń spowodowanych nalotami i ostrzałem artyleryjskim. Służbie technicznej podlegały Brygady Pogotowia Budowlanego. W jej ramach funkcjonowały także specjalne ekipy odpowiedzialne za ochronę warszawskich mostów oraz zabytków. sanitarnej – odpowiedzialnej za funkcjonowanie służby zdrowia. Podlegała jej m.in.