W obozie Żydom skonfiskowano wszystkie przedmioty wartościowe, a następnego dnia wysłano z hali pierwszy transport kolejowy do Warszawy, Rzeszowa i innych miast w Generalnym Gubernatorstwie. Do końca grudnia 1939 roku z Kalisza wywieziono prawie 20 tysięcy Żydów, trafili oni m.in. do Lublina, Sandomierza, Kałuszyna, Łukowa, Łochowa i Rembertowa. Transporty wysłano także do Sarnak, Sokołowa Podlaskiego, Węgrowa oraz Krakowa.
Pozostawione mienie żydowskie zebrano w magazynach, rzeczy wartościowe zabierali dla siebie Niemcy, reszta była sprzedawana Polakom.
Utworzenie getta 23 lutego 1940 roku 1912 Żydów pozostających w hali targowej deportowano do getta w Koźminku. Po tym w Kaliszu pozostało kilkuset Żydów, w większości pacjentów i pracowników Szpitala Żydowskiego oraz podopiecznych domu starców i sierocińca, poza tym w mieście pozostała także pewna liczba robotników. Liczba ta uległa zwiększeniu w związku z powracaniem do miasta Żydów oraz zwolnionych jeńców wojennych.