Po ewakuacji wojsk polskich do Wielkiej Brytanii, jako pilot bojowy w szeregach Royal Air Force (RAF), brał udział w wielu nalotach na niemieckie terytorium, awansując do stopnia kapitana. Za służbę w RAF otrzymał liczne odznaczenia. Po zakończeniu działań wojennych pozostał w wojsku polskim jako dowódca transportu oddziałów okupujących Niemcy (Hamburg i okolice).
thumb|Zdjęcie portretu Jerzego Gerlicza z siwym koniem arabskim autorstwa Wojciecha Kossaka Na mocy reformy rolnej z 1944 roku cały jego przedwojenny majątek ziemski został upaństwowiony, a następnie rozparcelowany. Po demobilizacji pozostał poza granicami Polski i prowadził gospodarstwo rolne w południowej części Francji. Po 1956 r. powrócił do Polski. Najpierw był pracownikiem Państwowych Gospodarstw Rolnych na ziemiach zachodnich, a następnie prowadził własne gospodarstwo rolno-hodowlane.
Został pochowany w grobowcu rodzinnym na Starych Powązkach w Warszawie, kw. 63, rząd 6, miejsce 24-25.