Pracę zawodową rozpoczęła jako bibliotekarz na Uniwersytecie Adama Mickiewicza w Poznaniu (Wydział Pedagogiczno-Artystyczny w Kaliszu), a od 2002 roku jest związana z Uniwersytetem Łódzkim. Jej zainteresowania badawcze koncentrują się na takich obszarach jak: biblioteki dla dzieci, usługi biblioteczne dla najmłodszych, wczesna alfabetyzacja oraz biografistyka. Od 2006 r. jest adiunktem na Uniwersytecie Łódzkim, a od 2024 r. pełni funkcję profesora nadzwyczajnego. Jest zastępcą redaktora naczelnego czasopisma „Acta Universitatis Lodziensis. Folia Librorum” oraz koordynuje współpracę z zagranicą w ramach programu ERASMUS+ w Katedrze Informatologii i Bibliologii UŁ. Od 2006 r. związana z Pracownią „Słownika pracowników książki polskiej” jako jej sekretarz, następnie kierownik (2016–2022)Walczak-Niewiadomska, Rzadkowska, Tadeusiewicz, 2011.. Autorka biogramów tegoż słownika. Otrzymała cztery nagrody Rektora UŁ oraz nagrodę Dziekana Wydziału Filologicznego za wyróżniającą się działalność organizacyjną i dydaktyczną.
Agata Walczak-Niewiadomska działa również w Kaliskim Towarzystwie Przyjaciół Nauk.