Propozycja ta została przedstawiona radzie miejskiej i przyjęta pozytywnie. Zgoda Ministra Generalnego Zakonu Kapucynów w Rzymie została udzielona 26 maja 1709, a cztery dni później projekt zatwierdził cesarz Józef I. Inicjatywa napotkała opór ze strony konsystorza ołomunieckiego, który domagał się zapewnienia, że obecność kapucynów w Kyjowie nie będzie powodować nadmiernego obciążenia dla mieszkańców, związanego m.in. z jałmużną ani nie naruszy pozycji lokalnego proboszcza. W rezultacie tego klasztor kapucynów powstał jako instytucja mogąca pomieścić maksymalnie dwunastu zakonników.
Pierwsi kapucyni przybyli do miasta 19 października 1710, jednak oficjalne pozwolenie na budowę klasztoru i kościoła uzyskano dopiero 20 października 1712. Budowę rozpoczęto od wzniesienia baraku i tymczasowej kaplicy. Kamień węgielny został poświęcony i wmurowany 15 maja 1713. Wysoki poziom wód gruntowych uniemożliwił budowę normalnej krypty, co wymusiło podniesienie konstrukcji kościoła powyżej poziomu rynku. W pracach budowlanych uczestniczyli zarówno miejscowi, jak i przybyli kapucyni. Projekt przygotował P. Šebestián ze Śląska w 1712. W pracach uczestniczył też Jan Chrzciciel, zakonny architekt i rzeźbiarz, odpowiedzialny za inne realizacje kapucyńskie (np. rozbudowa klasztoru w Moście oraz kaplicy św.