Fauna W parku występuje około 295 gatunków ryb. Są to narażone na wyginięcie (VU) Dasyatis brevis, totoaba i Myliobatis longirostris, a także m.in.: rocha kalifornijska, orleń kalifornijski, Gymnura marmorata, raszpla kalifornijska, Triakis semifasciata, Mustelus californicus, Mustelus henlei, Chromis limbaughi, Holacanthus passer, Opistognathus rosenblatti i Pomacanthus zonipectus.
Żyje tu pięć gatunków żółwi morskich. Są to krytycznie zagrożony wyginięciem (CR) żółw szylkretowy i narażone na wyginięcie (VU) żółw skórzasty, karetta, żółw oliwkowy i żółw jadalny.
Archipelag jest obszarem lęgowym kilku gatunków ptaków morskich tworzących duże kolonie. Na wyspach San Lorenzo, Las Animas i Salsitrabajos gniazdują pelikan brunatny, kormoran modrogardły i rybołów. Na wyspie Partida istnieją kolonie narażonego na wyginięcie (VU) morzyka kalifornijskiego, a także mewy meksykańskiej, nawałnika malutkiego i nawałnika czarnego (pół miliona osobników dwóch ostatnich gatunków).