Po uznaniu Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej przez państwa zachodnie, w lipcu 1945 roku nadzór nad GAL przejęło Ministerstwo Żeglugi i Handlu Zagranicznego rządu w kraju. GAL został wpisany do rejestru handlowego jako firma pod przymusowym zarządem państwowym, do czasu powołania nowych organów. 1 października 1946 roku centralę GAL przeniesiono do kraju. 31 grudnia 1950 roku rząd zdecydował o zaprzestaniu działalności przez GAL, a także Żeglugę Polską i Polbryt, a ich majątek podzielono, przenosząc do utworzonych 1 stycznia 1951 roku dwóch przedsiębiorstw państwowych: Polskiej Żeglugi Morskiej, Polskich Linii Oceanicznych.
Formalnie proces likwidacji GAL zakończył się dopiero 31 maja 1963 roku. W latach 1946–1951 spółka była też właścicielem sopockiego Grand Hotelu.
W latach 1948–1953 rządy Polski i Danii prowadziły negocjacje nt. odszkodowania za będące w rękach duńskich akcje GAL. Ostatecznie w 1953 r. Det Østasiatiske Kompagni A/S przyznane zostało odszkodowanie w wysokości 1220 tys. duńskich koron za 2000 akcji Gdynia – Ameryka Linie Żeglugowe SA.