Historia mały|lewo|Pomnik upamiętniający powstańców styczniowych Kroniki litewskie z XVI w. wspominają, że Ejszyszki założył Ejkszis. Według legendy, nazwa miasta wywodzi się od jednego z najdzielniejszych wojów litewskich, Ejksza, który dostał te ziemie w XI wieku w nagrodę za odzyskanie ich od książąt ruskich. Na przełomie XV i XVI w. Ejszyszki należały do ważniejszych miast Wielkiego Księstwa Litewskiego. Prawa miejskie nadał osadzie król Jan III Sobieski w XVII wieku. Przez miasto przebiegał ważny szlak z Wilna do Krakowa. Mimo to miasto nie rozwinęło się nigdy w większy ośrodek. Miasto złożone jest z dwóch części, na kształt ósemki, w przewężeniu której jest obniżenie rzeki Wersoki. Obie części ukształtowały się jeszcze w końcu XIII w. Południowa część jest większa. Dawny plac rynkowy z przyległymi uliczkami od 1969 roku jest zabytkiem urbanistycznym. Ejszyszki były znane przede wszystkim ze swych czwartkowych jarmarków na Wniebowstąpienie Pańskie, które odbywały się od 1672 roku.
W Rzeczypospolitej Obojga Narodów Ejszyszki były centrum starostwa, do którego według inwentarza z 1775 r.