W następnej dekadzie opublikował szereg prac utrwalających jego pozycję orientalisty (L’homme et son devenir selon le Védante, Londyn 1925) i znawcy mistyki chrześcijańskiej.

Narastające przekonanie o duchowym „kurczeniu się” Zachodu z jednej strony, z drugiej zaś coraz intensywniejsze studia nad mistyką arabską sprawiły, że Guénon zaczął coraz bardziej zbliżać się do islamu i nabierać przekonania, że tylko w jego obrębie zachowały się jeszcze żywe wartości duchowe. Po śmierci pierwszej żony wyjechał w 1930 do Kairu w poszukiwaniu tekstów sufickich i rozpoczął tam wykłady na słynnej uczelni muzułmańskiej Al-Azhar. W 1934 ożenił się z Egipcjanką Fatimą, córką sufickiego szejka Muhammada Ibrahima. Pod imieniem Abd al-Wahid Jahja został inicjowany do ezoterycznego muzułmańskiego Zakonu Sufi; w islamie pozostał do końca życia.

Nigdy nie wrócił już do Europy i żył „jak Arab między Arabami”; nawet jego córka z drugiego małżeństwa nie wiedziała przez lata, że jej ojciec nazywa się naprawdę René Guénon. Jego ostatnie słowa brzmiały: Allah, Allah!. Korespondował jednak z pisarzami europejskimi i publikował w wydawnictwach paryskich.