Po objęciu kierownictwa Katedry Łąkarstwa zajął się badaniem wpływu warunków siedliskowych i zabiegów agrotechnicznych na skład florystyczny, plonowanie i skład chemiczny runi łąkowej, doskonaleniem produkcji nasion traw na glebach lekkich, wykorzystaniem użytków zielonych w kształtowaniu i ochronie środowiska60 lat Wydziału Kształtowania Środowiska i Rolnictwa Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie 1954-2014. Wydawnictwo Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie, Szczecin 2014, s. 125. ISBN 978-83-7663-180-6 (dostęp 27.10.2024). Profesor Czyż opublikował 270 prac, w tym 140 oryginalnych prac twórczych i 35 dydaktycznych; opracował nowatorską koncepcję praktyk zawodowych studentów. Wypromował 4 doktorów, kilkudziesięciu magistrów i inżynierów, recenzował 10 prac doktorskich.
Henryk Czyż należał do Polskiego Towarzystwa Nauk Agrotechnicznych, Polskiego Towarzystwa Gleboznawczego, Międzynarodowej Unii Towarzystw Gleboznawczych, był przewodniczącym Szczecińskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Łąkarskiego, a także członkiem Komitetu Naukowego Wydawnictwa PTŁ „Łąkarstwo w Polsce”.