W kolejnych sezonach zajmował podobne miejsca:
1995: Ligier-Mugen Honda, 16 punktów, 8 miejsce 1996: Ligier-Mugen Honda, 13 punktów, 9 miejsce; zajęcie pierwszego miejsca w GP Monako 1997: Prost-Mugen Honda, 16 punktów, 9 miejsce; podczas GP Kanady uległ poważnemu wypadkowi, podczas którego doznał złamania obu nóg.
W kolejnych dwóch sezonach 1998 i 1999 słabe silniki Peugeotów spowodowały, że Panis zdobył zaledwie 2 punkty i był sklasyfikowany na 18 i 15 miejscu. Słabe wyniki kierowcy spowodowały, że został zwolniony ze stajni Prost-Peugeot.
W 2000 roku Ron Dennis zatrudnił Panisa jako kierowcę testowego w zespole West McLaren Mercedes. W kolejnym sezonie otrzymał ponownie szansę jazdy w F1, tym razem w zespole British American Racing. Sezon ten zakończył na 14 miejscu z dorobkiem 5 punktów. Słabe jednostki napędowe Hondy w kolejnym roku również nie przyczyniły się do lepszych wyników Panisa – 14 miejsce, 3 punkty.
W sezonie 2003 przeniósł się do zespołu (Panasonic Toyota Racing). Z powodu częstych awarii bolidu zajął dopiero 15 miejsce z dorobkiem 6 punktów. Identyczny dorobek punktowy zanotował w sezonie 2004, tym razem został jednak sklasyfikowany na czternastej pozycji.