Patogenność tego drobnoustroju wiąże się bezpośrednio z kondycją układu odpornościowego. U pacjentów z wydolnym układem odpornościowym zarażenie jest bezobjawowe. U osób z upośledzonym układem immunologicznym grzyb ten wywołuje śródmiąższowe zapalenie płuc. Dotyczy to chorych na AIDS (zespół nabytego upośledzenia odporności, choroba wywoływana przez wirus HIV) lub pacjentów z innymi ciężkimi zespołami niedoborów immunologicznych. Zapalenie płuc wywołane przez tego grzyba jest powszechną przyczyna śmierci chorych na AIDSGabriel Virella. „Mikrobiologia i choroby zakaźne”. Wrocław. isbn = 978-83-85842-59-0..
Objawy to duszności, suchy kaszel, gorączka, rzadko łagodna niedokrwistość i niedotlenienie. Do badania pobiera się plwocinę, popłuczyny oskrzelowe, lub biopsję tkanki płucnej. Identyfikację cyst umożliwia metoda Gomoriego, Giemsy lub immunofluorescencyjna z wykorzystaniem przeciwciał monoklonalnych i technika PCR. Wybarwione srebrem P. jiroveci wyglądają jak ciemnobrązowe/czarne cysty zawierające 2 do 8 sporozoitów.