Od maja 1941 do maja 1945 był Wyższym Dowódcą SS i Policji w regionie „Nordost” oraz dowódcą SS-Nadregionu o tej samej nazwie.
Po agresji Niemiec na ZSRR, Prützmann 29 czerwca 1941 został powołany na stanowisko Wyższego Dowódcy SS i Policji rejonu „Ostland und Russland-Nord” z siedzibą w Rydze (funkcję tę pełnił do 1 listopada 1941 i odpowiadał za działalność Einsatzgruppen na tym obszarze). Następnie, od grudnia 1941, zastąpił Friedricha Jeckelna na stanowisku Wyższego Dowódcy SS i Policji rejonu „Russland-Süd”. W tym okresie został także dowódcą SS-Nadregionu „Ukraine”. Obie te funkcje pełnił do 1944. 29 października 1943 zostało utworzone nowe stanowisko Najwyższego Dowódcy SS i Policji dla rejonu „Ukraine”, które objął właśnie Prützmann. Podlegał mu Wyższy Dowódca SS i Policji w rejonie „Schwarzes Meer” (Morze Czarne) oraz jego własny rejon „Russland-Süd”. Prützmann sprawował tę funkcję do września 1944. Odpowiadał bezpośrednio za terror stosowany wobec ludności ZSRR.