Po tym jak zespół wyeliminował w rundzie play-off Śląsk Wrocław 9:1 został umieszczony w grupie „H” Ligi Europy, gdzie znajdowały się takie drużyny jak SC Freiburg, Estoril Praia oraz Slovan Liberec. 26 marca po zwycięstwie 2:1 nad Realem Madryt, Sevilla awansowała na piąte miejsce w hiszpańskiej Primera División. 1 maja podopieczni Unaia Emeryego awansowali do finału Ligi Europy, wygrywając dwumecz z Valencią. W finale klub pokonał Benficę Lizbona po rzutach karnych. Dwa strzały piłkarzy z Lizbony obronił Betohttp://sport.wp.pl/kat,1754,title,Sevilla-campeon-Beto-bohaterem,wid,16604319,wiadomosc.html?ticaid=112baf (pol.). wp.pl. (dostęp 14 maja 2014).. 12 sierpnia Sevilla przegrała w Superpucharze Europy z Realem Madryt 0:2. 27 maja na Stadionie Narodowym w Warszawie w drugim z rzędu finale Ligi Europy wygrali z Dnipro Dniepropetrowskiem 3:2 po golach Carlosa Bacci i Grzegorza Krychowiaka. W meczu o Superpuchar Europy klub z Andaluzji przegrał z FC Barceloną 4:5. Ponadto po raz kolejny Sevilla triumfowała w rozgrywkach Ligi Europy, gdzie w finale pokonała Liverpool 3:1. Po sezonie Unai Emery opuścił stanowisko szkoleniowca klubu.