Valdès zaczął tracić kontrolę nad swoją wspólnotą co przyczyniło się do rozbicia jej na dwa obozy. Pierwszy umiarkowany, rozwijający się we Francji pod ideowym przywództwem Valdèsa skłaniał się do zjednoczenia z Kościołem katolickim i zachowania doktryny katolickiej. Drugi radykalny, rozwijający się głównie we Włoszech pod ideowym przywództwem wędrownych kaznodziejów, uczniów Waldo, skłaniał się ku reformom doktrynalnym i bliski był późniejszemu protokalwinizmowi.
W 1205 roku wśród waldensów doszło do rozłamu. Opozycyjnie nastawieni do Valdèsa Ubodzy z Lombardii wybrali spośród siebie przywódcę religijnego Jana de Ronco i odeszli od możliwości porozumienia z Kościołem katolickim, krzewiąc donatyzm, kapłaństwo świeckich i rozwijając własną formę chrześcijaństwa. Valdès stanął natomiast na czele ruchu Ubogich z Lyonu, który dążył do powrotu na łono Kościoła katolickiego, co jednak się nie udało. Został obłożony ekskomuniką przez arcybiskupa Jana z Lyonu, a następnie przez samego papieża.
Ekskomunika waldensów W 1215 roku Sobór laterański IV uznał naukę waldensów za heretycką. Valdès musiał uciekać z Francji do Wschodniej Europy. Zmarł około 1217 roku podczas podróży do Czech nie doprowadziwszy do zjednoczenia podzielonej doktrynalnie grup waldensów.