W chwili wybuchu wojny pełnił funkcję oficera służbowego. Powiadomił o stanie wojennym dowódcę pułku, ppłk. Kazimierza Pruszkowskiego, który zarządził alarm bojowy dla wszystkich pododdziałów. Kompania por. Penconka znalazła się w odwodzie dowódcy pułku, w lasach na północny wschód od Wejherowa. W nocy z 7 na 8 września dowodził wypadem na Gowino, który zakończył się odbiciem miejscowości z rąk Niemców. Sukcesem okazało się zdobycie tego dnia map i planów niemieckich, które zostały przekazane dowództwu. 8 września wraz ze swoją kompanią uczestniczył w udanym kontrataku w rejonie leśniczówki Biała, nacierając na Niemców próbujących okrążyć zgrupowanie wojsk polskich. Został ranny w głowę i przetransportowany do szpitala w Wejherowie. Mimo osłabienia i ran, na własne życzenie wypisał się ze szpitala i dołączył do swojego oddziału ponownie obejmując dowodzenie 2. kompanii. 13 września podczas walk o Oksywie został śmiertelnie raniony i poległ.
Jego symboliczny grób znajduje się na cmentarzu wojennym w Gdyni-Redłowie pod numerem 255.
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojennego Virtuti Militarihttps://gdynia.naszemiasto.pl/obroncy-kepy-oksywskiej-rocznica-105-urodzin-por-jana/ar/c1-4346633